重庆市的长江三峡库区流域水污染防治条例规定了水污染防治的监督管理体系，以下为具体条例内容。
第八条明确指出长江干流适用的水环境功能类别执行国家规定，而流域面积在一百平方公里以上的次级河流和跨区县的次级河流的适用水环境功能类别，则由市环保行政部门提出方案，报市人民政府批准；其他次级河流的适用水环境功能类别，由区县环保行政部门提出方案，并报同级人民政府批准，同时向市环保行政部门备案。区县人民政府应确保本行政区域水环境功能达到国家规定的水环境质量标准。
第九条指出库区流域水污染防治规划由市环保行政部门会同计划、水利等部门编制，并经市人民政府审查同意后报国务院批准。跨区县次级河流水污染防治规划由市环保行政部门会同有关部门和有关区县人民政府编制，报市人民政府批准。其他次级河流水污染防治规划则由有关区县人民政府编制，经市环保行政部门审核后报市人民政府批准。水污染防治规划需确定重点污染物排放量、排放定期削减指标、重点控制区域及重点排污单位。
第十条详细规定了县级以上人民政府对生活饮用水源水体、重要渔业水体、自然保护区和风景名胜区水体及其他具有特殊经济文化价值水体的重点保护办法。
第十一条实行排入库区流域的重点污染物总量控制制度。市环保行政部门将水污染防治规划确定的重点污染物排放量，分年度下达到区县和重点排污单位。
第十二条强调建设向水体排放污染物的项目不得突破本行政区域内的重点污染物排放总量。对重点污染物排放总量超过环境容量或总量控制指标的区域，新建增加污染物排放量的项目必须削减现有排污量，并征得市环保行政部门同意。
第十三条当水体流量不能保证其自然净化能力时，环保行政部门要求排污单位减排污染物或依法报请同级人民政府责令暂停生产、经营。
第十四条规定建设直接或间接向水体排放污染物的项目必须执行环境影响评价制度和污染防治设施与主体工程同时设计、施工和投产使用的制度。对于可能造成跨行政区域水环境污染的建设项目，环保行政部门在审批环境影响评价报告书时需征求下游区县环保行政部门意见，无法达成一致时报上级行政部门裁定。
第十五条排污单位需执行排污申报和排污许可证制度。申报内容包括生产规模、原材料、生产工艺、排放设施、处理能力、排放重点污染物种类、浓度、数量、排放去向、地点和方式。环保行政部门在15日内审核申报，对达到排放标准和总量控制指标的发给排放许可证，否则发给临时许可证并要求限期治理。
第十六条排污许可证有效期不超过三年，临时许可证有效期一般为一年，特殊情况不超过两年。持有临时许可证的单位需在规定期限内完成治理。
第十七条排污单位在许可证有效期内改变排污情况需提前20日进行变更申报，环保行政部门在15日内作出同意或不同意变更的决定。
第十八条环保行政部门对申报有异议的，可在7日内进行现场核查，以核查结果为准。
第十九条重点排放单位需以监测结果为依据进行申报。不便监测或月排废水在三百吨以下的单位，可采用市环保行政部门规定的物料衡算法申报。监测由排污单位委托有资质的环境监测机构执行。
第二十条市环保行政部门负责重点排污单位和跨区县的排污单位的申报，区县环保行政部门负责其他排污单位的申报。
第二十一条排污单位需对排污口进行规范化整治，并安装与环保部门监控中心联网的自动监控装置，确保数据可作为环保监督管理依据。
第二十二条排污单位需保持水污染物处理设施正常运转，建立管理制度，做好记录和标识，确保排放符合国家或地方标准。拆除、闲置或停运处理设施需先经环保行政部门或其他监督管理部门批准。发生事故或设施故障需立即报告环保行政部门，并采取措施。
第二十三条排污单位需根据环保行政部门核定的排放量和国家规定标准缴纳排污费和超标准排污费。
第二十四条排污单位发生事故或其他突发事件，需采取应急措施，并向环保行政部门报告。车辆和船舶事故需向相关部门报告，并由相关部门调查处理后通报环保行政部门。
第二十五条环保行政部门有权进行现场检查并要求提供资料。被检查单位需配合检查，提供资料并保守商业秘密。
第二十六条市环保行政部门负责水环境质量监测，区县环保行政部门负责出入境水体监测或承担相应费用。出入境水体监测断面由上级环保行政部门设定。
第二十七条市人民政府以区县出境水质监测结果考核水污染防治工作，区县环保行政部门发现超标时需报告并采取措施削减排放量，逾期不采取措施的由市环保行政部门报告市人民政府责令整改。
第二十八条市环保行政部门将各区县出境水质监测结果报告市人民政府、通报有关政府并向社会公布。
